https://github.com/sverweij/dependency-cruiser
これが使いやすいです。

タイトルはTypescriptとしていますが、JavaScript, TypeScript, CoffeeScript. ES6, CommonJS, AMD. で行ける様です。

インストール

READMEの通りですが、

npm install --save-dev dependency-cruiser

複数のプロジェクトで使いたいなら、--globalでも良いと思います。

使ってみる

これもREADMEに書いてますが、

# --save-devでローカルにインストールし、かつパスを通してない場合のコマンド
# プロジェクトルートで実行
./node_modules/.bin/depcruise --exclude "^node_modules" --output-type dot src | dot -T svg > dependencygraph.svg

これでsrc/配下のモジュール群の依存性グラフが生成されます。

nodeバージョンについて注意

ERROR: Your node version (11.15.0) is not supported. dependency-cruiser
       follows the node.js release cycle and runs on these node versions:
       ^8.10||^10||^12
       See https://nodejs.org/en/about/releases/ for details.

こんなのが出ました。8.10, 10, 12じゃないとダメなようです。自分の環境に12.6.0があったのでそれでやったらできました。